تعتبر شعبة الرقابة والتدقيق الداخلي من أهم الشعب في كليتنا وتعد من الاعمدة الرئيسية لكلية الصيدلة وذلك يأتي من اهمية الدور الذي تقوم به والمهام المكلفة بها هذه الشعبة بكافة وحداتها حيث يقع على عاتقها متابعة العمل في كافة الجوانب المالية والادارية والقانونية في الكلية ،اذ تقوم شعبة الرقابة بمتابعة جميع الأوامر الإدارية والكتب الصادرة من الكلية وضمان سلامة الموقف القانوني لها كما وتعمل على متابعة كل الكتب والتعليمات الوزارية والاوامر الجامعية الموجهة الى الكلية والحرص على متابعة تطبيقها كامله وبالشكل الصحيح حسب القوانين كما وتهتم شعبة الرقابة بمتابعة حركة الملاك في الكلية والمتغيرات الوظيفية وصدور أوامر العلاوات والترفيعات وتشخيص الأخطاء والمخالفات الادارية وتثبيتها تحريريا ومتابعة الغيابات والاجازات وذلك من خلال تدقيق تقارير البصمة الإلكترونية بصوره يوميه كل هذه المتابعات تقوم بها شعبة الرقابة عن طريق زيارات مفاجئة الى الشعب والوحدات كافة داخل الكلية وتقوم بتحرير محاضر وتقارير دوريه ترفع الى عمادة الكلية والى قسم الرقابة والتدقيق الداخلي في رئاسة الجامعة ، اما فيما يخص الجانب المالي للكلية فتعتبر شعبة الرقابة والتدقيق الداخلي هي الجهة الوحيدة داخل الكلية التي لها الحق بتدقيق ومتابعة عمل شعبة الحسابات بكافة وحداتها بشقيها الموازنة التشغيلية وصندوق التعليم العالي بكافة أعماله من عملية صرف للحوافز السنوية والمكافأة وحلات الصرف من الصندوق في حالة تعذر توفر التخصيص المالي المطلوب في الموازنة التشغيلية وذلك ضمن النسب المحددة وحسب تعليمات صندوق التعليم العالي، حيث تعمل على تدقيق كافة الاجراءات المالية من عمليات الصرف و أوامر التسليف واللجان حيث تقوم بتدقيق مستندات الصرف والصكوك المحررة لحالات الصرف المباشر او عن طريق لجان المشتريات المتنوعة من خلال تدقيق وصولات الشراء والطلبات وكشف الأخطاء وحالات التزوير والتلاعب والتأكد من عدم وجود الحك والشطب في وصولات وطلبات الشراء المقدمة من قبل الشعب والوحدات ذات العلاقة والتأكد من توفر التخصيصات المالية اللازمة لعمليات الشراء ضمن الموازنة التشغيلية للكلية كما وتحرص على ضمان خضوع جميع العمليات المحاسبية الى التعليمات والضوابط المالية وحسب تعليمات تنفيذ الموازنة الاتحادية ولقانون الإدارة المالية لسنة 2004 كما وتقوم بتدقيق وصولات القبض ومستندات والقيد وعملية اطفاء السلف الممنوحة للجان بكافة انواعها ،كما وتعنى ايضا بتدقيق الكشوفات المالية الشهرية للكلية والصادرة من شعبة الحسابات والتي يثبت فيها الموقف المالي والحركة المالية والحسابية التي جرت خلال الشهر بالإضافة الى كشوفات الحسابات الختامية في نهاية السنة المالية ،ومن مهامها الاخرى هي تدقيق قوائم الرواتب الخاصة بالمنتسبين كافة في الكلية شهريا ومتابعة المتغيرات الحاصلة كالعلاوات والترفيعات والغيابات وغيرها بالإضافة الى تدقيق جداول المحاضرات التي تعد من قبل شعبة الحسابات بالإضافة الى الحالات المالية الاخرى مثل عملية جرد محتويات الصندوق في شعبة الحسابات كل هذه هي من مهام شعبة التدقيق اضافة الى الزيارات المفاجئة التي تقوم بها الى شعبة الحسابات للاطلاع على سير العمل حسب الضوابط ، وتقوم شعبة الرقابة ايضا بالتنسيق المباشر مع قسم الرقابة والتدقيق الداخلي وديوان الرقابة المالية عن طريق اللجان العاملة ومكتب المفتش العام في الجامعة ، وترتبط شعبة الرقابة والتدقيق الداخلي بشكل مباشر بمكتب السيد عميد الكلية