مختبر الأحياء المجهرية من المختبرات الأساسية في كلية الطب والذي يضم مختبر البكتريا و الطفيليات إذ يتعرف فيه الطالب على اهم الاختبارات التشخيصية لمسببات الأمراض العدوائية مثل الأمراض البكتيرية واختبارات الكشف عن المضادات الحيوية والفيروسية والطفيلية وتشخيص الأمراض المناعية كما أنه مجهز بأهم الأجهزة والمعدات التشخيصية اللازمة لذلك من مجاهر وحاضنات وأجهزة تعقيم مثل الفرن والمؤصدة.