تتكون شعبة الشؤون المالية من مجموعة من الوحدات وكما مبين ادناه. 1- وحدة الرواتب – تقوم وحدة الرواتب باعداد رواتب الموظفين والتدريسين في الكلية حيث تقوم باعدادها الكترونيا في برنامج خاص بالرواتب وسحبها ورقياً وتنزيلها في سجلات خاصة وتدقيقها من قبل شعبة التدقيق. 2- وحدة الموازنة – تقوم هذه الوحدة باعداد موازنة الكلية حيث تقوم هذه الوحدة بتنزيل ما يدور خلال الشهر من قيود محاسبية من سندات قيد او صرف وتنزيلها في سجلات خاصة من سجل اليومية العام وسجل الايرادات وسجل المصروفات وسجل المدينون واعدادها في كشوفات خاصة من ميزان مراجعة -المصروفات -الايرادات -المدينون –السلف. 3- وحدة الصرف – تقوم هذه الوحدة بتنظيم سندات الصرف والقيد محاسبيا وتدقيقها من قبل شعبة التدقيق وحفظ الاوليات الخاصة بها لاغراض رقابية . 4 -وحدة الصندوق – تقوم هذه الوحدة بجباية الاموال من الطلبة في الدراسات الصباحية والمسائية وترحيل القيود المحاسبية في سجل الاستاذ العام وفي سجل يومية الصندوق لاغراض رقابية . 5- وحدة التجهيزات – تقوم وحدة التجهيزات بعملية الادخال والاخراج المخزني للمواد المشتراه وتقوم بالجرد السنوي والمطابقة الموجود في المخازن . 6- يقوم مدير الحسابات بالاشراف ادارياً ومحاسبياً على كافة الوحدات انفاً واجابة الكتب الواردة من رئاسة جامعة ميسان .